Format des données

library(AndesBiodiversite)

Données qualitative OBIS

Une archive darwin-core (DwCA) contenant uniquement les informations d’occurrences. La fonction get_OBIS_archive() produit les tables event et occurrence qui forment ensemble une archive Event-Core.

Ces deux tables sont conformes au standard DarwinCore et pourrait être importées dans OBIS via l’outil OBIS IPT. Certains colonnes doivent être remplies manuellement dans l’archive OBIS avant l’importation, comme datasetName et datasetID.

Données quantitatives de biodiversité

La fonction get_biodiv_data() produit un jeu de données ayant des données quantitative (soit poids et dénombrement). Un éffort a été fait pour aligner les colonnes des données avec le standard DarwinCore. Cependant, certaines colonnes spécifiques à l’étude ont été ajoutées. Ces derniers utilisent des lettres majuscules pour les différencier des colonnes DarwinCore.

Les champs eventID (table event) et recordNumber (table occurence) peuvent être utilisés pour faire le lien avec les tables du DwCA OBIS. Ces liens semi-relationnels permettent d’associer les données quantitatives aux occurrences/evenements OBIS.

Définitions des variables.

eventID Terme DwC : L’identifiant de l’événement d’échantionnage. Ce champ est composé de shared_models_mission.mission_number, shared_models_station.name et shared_models_sample.sample_number. Avec l’unique exception de l’ajout de 16F et 16E pour les missions pétonlce Minganie. Ce terme aparrait à la fois dans les tables DwCA OBIS et dans la table de données quantitative permettant ainsi de faire un pont (semi-relationel).

fieldNumber Term DwC : Nom de la station. Ce champ à une corréspondance directe avec shared_models_station.name dans ANDES.

decimalLatitude Terme DwC : Latitude décimale en WGS84. Ce champ calcule la moyenne shared_models_sample.start_latitude et shared_models_sample.end_latitude dans ANDES.

decimalLongitude Terme DwC : Longitude décimale en WGS84. Ce champ calcule la moyenne shared_models_sample.start_longitude et shared_models_sample.end_longitude dans ANDES.

coordinateUncertaintyInMeters Terme DwC : Précision des coordonnées en mètres. Ce champ calcule la moitié de la distance entre les points de début et de fin du trait.

geodeticDatum Terme DwC : Toujours “epsg:4326”

footprintWKT Terme DwC : Polygone WKT représentant l’empreinte géographique du trait. Ce champ est construit à partir des coordonnées de début et de fin du trait. Elle comprends la profondeur (en metres) en tant qu’élévation z négative, si les observations du trait start_depth_m et end_depth_m sont présentes.

footprintSRS Terme DwC : Toujours “epsg:4326” si footprintWKT est présent.

year Terme DwC

country Terme DwC : Toujours “Canada”

countryCode Terme DwC : Toujours “CA”

continentTerme DwC : Toujours “North America”

eventType Terme DwC : Soit “Project” pour la mission ou “Deployment” pour un trait. Voir termes

minimumDepthInMeters Terme DwC : Ce champ à une corréspondance directe avec l’observation min_depth_m du trait dans ANDES.

maximumDepthInMeters Terme DwC : Ce champ à une corréspondance directe avec l’observation min_depth_m du trait dans ANDES.

ANDES_SET Numéro du trait selon ANDES, a ne pas confondre avec set_id. Ce champ est nécessaire car il est possible avoir plusiers traits à la même station. Ce champ à une corréspondance directe avec shared_models_sample.sample_number dans ANDES.

recordNumber Terme DwC : Identification de l’occurrence dans ANDES. Ce champ à une corréspondance directe avec shared_models_catch.id dans ANDES. Ce terme aparrait à la fois dans la table d’occurence OBIS et dans la table de données quantitative permettant ainsi de faire un pont (semi-relationel).

scientificName Terme DwC : Nom scientifique de l’espèce. Ce champ à une corréspondance directe avec shared_models_referencecatch.scientific_name dans ANDES.

scientificNameID Terme DwC : Sous la forme urn.lsid:marinespecies.org:taxname:xxxxxx où xxxxxx est le AphiaID. Ce dernier (le AphiaID) ayant à une corréspondance directe avec shared_models_referencecatch.aphia_id dans ANDES.

ech_congelo: materialEntityType OU preparation on hésite entre ces deux termes darwinCore. A FAIRE!

occurrenceRemarks terme DwC : Commentaires saisies sur le terrain via l’appli Biodiversité. Ce champ à une corréspondance directe avec shared_models_catch.notes dans ANDES.

eventRemarksterme DwC : Commentaires saisies sur le terrain via le formulaire du trait. Ce champ à une corréspondance directe avec shared_models_catch.notes dans ANDES.

language terme DwC : Toujours “En”

license terme DwC : Toujours “http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode”

rightsHolder terme DwC : Toujours ““His Majesty the King in right of Canada, as represented by the Minister of Fisheries and Oceans”

institutionID terme DwC : Toujours “https://edmo.seadatanet.org/report/4160”

institutionCode terme DwC : Toujours “IML”

datasetName terme DwC : Toujours vide, doit etre remplis manuellement.

datasetID terme DwC : Toujours vide, doit etre remplis manuellement.

Données quantitatives, les trois niveaux d’échantionnage

SUBSAMPLE_COUNT : ($N_\mathrm{subsampled}$) Dénombrement des individu prélevés pour un sous-échantillon lorsque la quantité total de cette espèce est trop importante ou impossible à compter par sa nature (exemple : éponge encroutante). Ce sous-échantillon provient souvent du tri de l’espèce, mais il peux provenir du tri totale.

SUBSAMPLE_MASS_G : ($M_\mathrm{subsampled}$) Poids des individu prélevés pour un sous-échantillon lorsque la quantité total de cette espèce est trop importante ou impossible à compter par sa nature (exemple : éponge encroutante). Ce sous-échantillon provient souvent du tri de l’espèce, mais il peux provenir du tri totale.

SORTED_COUNT : ($N_\mathrm{sorted}$) Dénombrement des individus TRIÉS d’un espèce.

SORTED_MASS : ($M_\mathrm{sorted}$) Poids des individus TRIÉS d’un espèce.

FINAL_COUNT : ($N_\mathrm{final}$) Résultat d’un calcul. Représente le dénombrement et le poids ramené à la capture totale.

FINAL_MASS : ($M_\mathrm{final}$) Résultat d’un calcul. Représente le poids ramené à la capture totale.

MULTIPLICATEUR : ($k$) Valeur utilisé pour ramener la fraction du tri de l’espèce à la capture totale.

Définitions mathématiques

Pour une espece donné, les valeurs de dénombrement $N_\mathrm{final}$ et masse $M_\mathrm{final}$ sont calculées à partir des valeurs triées $N_\mathrm{sorted}$ et $M_\mathrm{sorted}$ comme suit: $$\begin{eqnarray} N_\mathrm{final} = k N_\mathrm{sorted} \\ M_\mathrm{final} = k M_\mathrm{sorted} , \end{eqnarray}$$ ou le multiplicateur $k$ est défini comme suit: $$k = \begin{cases} 1, & \text{tri de l'espece sur la capture complète} \\ 4, & \text{tri de l'espece sur le quart Biodiversité}. \end{cases}$$ Mais il peux avoir d’autre valeurs exceptionel selon la fraction triée.

Il arrive parfois que $N_\mathrm{sorted}$ proviennt d’une extrapolation d’un sous-échantillon $N_\mathrm{subsampled}\approx 30$ quand le dénombrement est trop fastidieux :). Dans le cas échéant, un sous-échantillon est prélevé et dénombré, puis le dénombrement du tri est estimé comme suit: $$N_\mathrm{sorted} = N_\mathrm{subsampled} \frac{M_\mathrm{sorted}}{M_\mathrm{subsampled}},$$où les masses $M_\mathrm{sorted}$ et $M_\mathrm{ech}$ sont mesurées respectivement sur le tri et le sous-échantillon.

Exceptionellement pour les relevés de concombre de mer, le dénombrement du tri est éffectué, mais c’est la masse du tri $M_\mathrm{sorted}$ qui est estimée à partir d’un sous-échantillon: $$M_\mathrm{sorted} = M_\mathrm{subsampled} \frac{N_\mathrm{sorted}}{N_\mathrm{subsampled}}.$$

Les trois niveaux

Données semi-quantitatives, côte d’abondance relative

Les colonnes suivantes décrivent la cote d’abondance relative assignée à chaque espèce capturée lors d’un trait.

REL_ABUNDANCE_CODE : Code (1,2,3) pour la cote d’abondance relative. Ce champ à une corréspondance directe avec shared_models_relativeabundancecategory.code dans ANDES.

REL_ABUNDANCE_DESC : Description (anglais) de la cote d’abondance relative. Ce champ à une corréspondance directe avec shared_models_relativeabundancecategory.description_eng dans ANDES.

Code	Description EN	Description FR
1	Species not abundant in capture	Faible, <5 dans la capture totale
2	Species abundant in capture	Modéré, 5-49 dans la capture totale
3	Species very abundant in capture	Élevé, >49 dans la capture totale